Erstmals urkundlich fassbar wird der Emdorfer Kirchenbau im ausklingenden zehnten Jahrhundert, da das Kloster St. Emmeram im Emhofer Gebiet begütert war. 997 begabte Abt Ramwold die Kirche (zusammen mit der Premberger Kirche) mit Land, um ihr so das Ewige Licht zu sichern. Zu dieser Zeit war Emhof wohl Teil der Pfarrei Kallmünz. Aus dieser romanischen Phase der Kirche stammt auch die Turmanlage sowie das völlig unveränderte Portal.

1438 wurde Emhof dann zur eigenständigen Pfarrei erhoben, was 1626, nach der Wiedereinführung des katholischen Bekenntnisses, durch die Zuteilung zur Pfarrei Kallmünz wieder rückgängig gemacht wurde. Aus dem ausgehenden 16. Jh. stammt der Nebenaltar an der Westwand des Turmmauerwerks, der aus der im Zuge der Einrichtung des Truppenübungsplatzes Hohenfels abgerissenen Kirche in Kirchenödenhart stammt.

Der Oberbau des Kirchturms wurde im 18. Jahrhundert errichtet, als auch die Zwiebelhaube aufgesetzt wurde. Aus der Rokokozeit stammt der Hochaltar. 1882 wurde die Kirche umfassend in Stand gesetzt. Dabei erhielt die Kirche auch einen neuen Kreuzweg sowie ein Kruzifix mit Schmerzensmutter.

1989 erfolgte eine Außen-, 1993 eine Innenrenovierung. Von 1993 stammen auch Zelebrationsaltar, Ambo sowie eine elektrische Orgel. Im Jahr 2011 erfolgte eine erneute Außenrenovierung, ein Jahr später wurde der Innenraum instandgesetzt.
Eng verbunden ist die Emhofer Kirche mit der alten Burg, deren wie immer gearteter Teil sie einst wohl war. Diese Burg wurde 1816 abgerissen, um einer zeitgemäßeren Schlossanlage mit Stallungen und einem Jägerhaus Platz zu machen. Diese Anlage wurde zwischenzeitlich zu einer Brauerei sowie zu einem Gasthaus und wird nun als Wohnhaus genutzt.