Ein Gelübde aus Anlass der damals herrschenden Pest war der Grund für die Erbauung der kleinen Sebastianskirche im Jahre 1714. Sie stand ursprünglich in der Verlängerung der Naabbrücke.
Als 1898 die Eisenbahn nach Burglengenfeld gebaut wurde, mußte die Kirche abgetragen werden, um eine dirkete Straßenführung zum neuerrichteten Bahnhof zu ermöglichen. Um 60 m versetzt wurde sie neu aufgebaut und am 20. Januar 1902 eingeweiht.Die Kirche und der rechteckige Turmunterbau sind mit Bruchsteinen gemauert, der achteckige Turmunterbau ist ein Ziegelmauerwerk. Der Altarraum ist eingezogen und hat einen dreiseitigen Schluß.
Die Decke ist flach und ohne Gemälde. Das Altarbild zeigt den Kirchenpatron St. Sebastian (20. Januar) und den Pestpatron St. Rochus. Der dahinter befindliche Engel hält eine Tafel mit der lateinischen Beschriftung “Contra pestem patroni” (gewidmet dem Patron gegen die Pest).
Das Bild ist nicht signiert, der Künstler unbekannt. Das Altarbild, ferner eine Statue des hl. Wolgang, eine hölzerne Tafel mit der Chronik der ersten Kirche, sowie ein hölzerner Opferstock und ein kleines Altarkreuz stammen noch aus der Inneneinrichtung der ersten Kirche.
Die Kirche verfügt über 40 Sitzplätze und ebenso viele Stehplätze.
Zwei Glocken, die erst 1930 angeschafft worden waren, mußten während des Krieges abgeliefert werden. 1951 erhielt St. Sebastian eine Glocke von Pielenhofen aus der Werkstatt Hamm, Regensburg. Sie wiegt 120 kg und schlägt die Stunde. 1964 wurde die “Piusglocke” (mit Reliefbild von Papst Pius X.) vom Kreuzberg nach St. Sebastian gebracht. Sie wurde 1956 von Perner, Passau, gegossen und wiegt 102 kg. Sie schlägt jetzt die Viertelstunden.
Die Sebastianskirche befindet sich im Besitz der Stadt Burglengenfeld. Monatlich finden Mediationen (Atempause) statt. Zum Patrozinium wird eine feierliche Eucharistiefeier zelebriert.